Στην Επισκοπή και τα περίχωρά της υπάρχουν πολλές και αξιόλογες εκκλησίες. Το γεγονός αυτό συνδέεται με τη σημασία που είχε ο οικισμός ιστορικά ως επισκοπική έδρα αλλά και με την πληθυσμιακή του ανάπτυξη. Οι παλιότερες από τις εκκλησίες είναι μνημεία βυζαντινά και μεταβυζαντινά. Ο παλιότερος ναός της περιοχής είναι η Παναγία η Κυρά Λημνιώτισσα, ναός του 11ου αιώνα στον αρχιτεκτονικό τύπο του συνεπτυγμένου σταυροειδούς με τρούλο.
Πολλές εκκλησίες του χωριού τοποθετούνται χρονολογικά στον 14ο και τον 15ο αιώνα (Άγιος Αντώνιος, Άγιος Ιωάννης, Αγία Παρασκευή, Μιχαήλ Αρχάγγελος, Αγ. Γεώργιος, Φανερωμένη κ.ά), πράγμα που μαρτυρά την σημασία και τον ακμαίο πληθυσμό του οικισμού στα χρόνια της ενετοκρατίας. Κάποιες από αυτές κοσμούνται με ιδιαιτέρως αξιόλογες τοιχογραφίες. Κυρίαρχος αρχιτεκτονικός τύπος είναι αυτός του μονόχωρου καμαροσκεπούς ναού.
Υπάρχουν όμως και αξιόλογα νεώτερα μνημεία, με σημαντικότερο τον κεντρικό ναό του Αγίου Μηνά.
Η περιήγηση στις εκκλησίες της Επισκοπής, πολλές από τις οποίες βρίσκονται διασκορπισμένες στα στενά σοκάκια του παραδοσιακού πυρήνα του οικισμού, σίγουρα ανταμείβει τον επισκέπτη.
