H πρώτη κατοίκηση στην περιοχή της Επισκοπής τεκμηριώνεται από αρχαιολογικά ευρήματα και τοποθετείται, από τα μέχρι τώρα στοιχεία, στη Μεσομινωϊκή περίοδο. Η περιοχή συνέχισε να κατοικείται και στη διάρκεια της Υστερομινωϊκής περιόδου, ενώ σποραδικά ευρήματα υπάρχουν τόσο από την κλασική όσο και από τη ρωμαϊκή εποχή.
Στα Βυζαντινά χρόνια, με το τέλος της αραβοκρατίας στο νησί, μετά την ανάκτηση της Κρήτης από τον Νικηφόρο Φωκά το 961, μεταφέρθηκε στο χωριό η έδρα της επισκοπής Χερρονήσου, η οποία προηγουμένως βρισκόταν στο Πισκοπιανό. Έτσι πήρε ο οικισμός το όνομα Επισκοπή που διατηρεί ως και σήμερα. Οι πολυάριθμες και αξιόλογες βυζαντινές εκκλησίες αποδεικνύουν τη σημασία του οικισμού ως θρησκευτικό και οικιστικό κέντρο της περιοχής.
Στην περίοδο της ενετοκρατίας φαίνεται ότι ο οικισμός διατήρησε τη σημασία του. Σε έγγραφο του Δουκικού αρχείου του Χάνδακα, το 1386, αναφέρεται ως Piskopi, ενώ το 1583 αναφέρεται από τον Καστροφύλακα ως Piskopi Chiersonisso, με 690 κατοίκους.
Αναφορές στον οικισμό υπάρχουν και στα χρόνια της τουρκοκρατίας. Το 1834 κατοικούσαν στο χωριό 20 χριστιανικές και 15 τουρκικές οικογένειες. Από το 1879 ως το 1911 η Επισκοπή γίνεται έδρα του ομώνυμου, ιδιαίτερα εκτεταμένου, Δήμου Επισκοπής. Ο δήμος αυτός, σύμφωνα με την απογραφή του 1881, περιελάμβανε 22 χωριά και τις Μονές Αγκαράθου και Ανωπόλεως. Σύμφωνα με την ίδια απογραφή ο πληθυσμός του χωριού πλησιάζει τους 700 κατοίκους, οι περισσότεροι από τους οποίους (608) είναι χριστιανοί.
Στα πλαίσια του αγώνα για την απελευθέρωση από τους Τούρκους αξίζει να αναφερθεί η μάχη της Επισκοπής στη θέση Χριστός, στις 25 Ιουνίου 1897, όπου τραυματίστηκε θανάσιμα ο Γενικός Αρχηγός της επαρχίας Πεδιάδος, Αντώνιος Τρυφίτσος. Επισκοπιανοί οπλαρχηγοί ή πολεμιστές που πολέμησαν τα τελευταία αυτά χρόνια του 19ου αιώνα ενάντια στους Τούρκους ήταν οι Γεώργιος Τζατζαδάκης, Εμμανουήλ Σφακιανάκης, Νικόλαος Πιτσουλάκης, Ιωάννης Τζανάκης, Νικόλαος Ξειδιανάκης (παλικάρια όλοι του Αντ. Τρυφίτσου).
Στη διάρκεια του 20ου αιώνα αρκετοί Επισκοπιανοί έλαβαν μέρος στον Μακεδονικό αγώνα, στους Βαλκανικούς πολέμους, στον Α΄ Παγκόσμιο πόλεμο, στη Μικρασιατική εκστρατεία, στο Αλβανικό μέτωπο, στη Μάχη της Κρήτης και στην Εθνική Αντίσταση. Τα ονόματα όσων χάθηκαν πολεμώντας σε αυτούς τους εθνικούς αγώνες αναγράφονται στο ηρώο της Επισκοπής. Από τους επισκοπιανούς αγωνιστές του 20ου αιώνα ξεχωρίζει ο Καπετάν Δημήτρης Τζατζάς (κανονικό επώνυμο Τζατζαδάκης, γιος του Γεωργίου), ο οποίος έλαβε μέρος στην Μικρασιατική εκστρατεία φτάνοντας (όπως και άλλοι συγχωριανοί) μέχρι τον Σαγγάριο, αλλά η κύρια δράση του τοποθετείται στον δεύτερο παγκόσμιο πόλεμο. Υπήρξε μέλος της ομάδας Λη Φέρμορ και έλαβε μέρος στην περίφημη απαγωγή του Γερμανού στρατηγού Κράιπε στις 26 Απριλίου του 1944, με σημαντικό ρόλο και στις αντιστασιακές ομάδες του Μπαντουβά.