Τ [/dropcap]ο φυσικό περιβάλλον στην περιοχή της Επισκοπής έχει δεχτεί σχετικά ήπια ανθρώπινη παρέμβαση που συνίσταται σε ήπια ανοικοδόμηση και στις καλλιέργειες, κυρίως της ελιάς και του αμπελιού. Το οικοσύστημα της περιοχής εμφανίζει αρκετά πλούσια χλωρίδα, χαρακτηριστική της κρητικής υπαίθρου.
Ιδιαίτερη αξία έχουν τα πολλά αρωματικά φυτά και τα χόρτα που αποτελούν και σημαντικό στοιχείο της κρητικής διατροφής. Υπάρχουν επίσης αρκετά άγρια είδη λουλουδιών, μεταξύ των οποίων πανέμορφα κρινάκια και είδη ορχιδέας ( περισσότερες πληροφορίες : https://nikosroditakis1.wordpress.com/).
Η πανίδα έχει επηρεαστεί περισσότερο από την ανθρώπινη παρέμβαση, συναντάμε όμως ακόμα στην περιοχή αρκετά είδη άγριων πουλιών, ανάμεσα στα οποία ξεχωρίζουν η λευκόξανθη κουκουβάγια (ζάρα) και το γεράκι, αλλά και ζώων όπως τα φίδια, οι σαύρες, οι σκατζόχοιροι, οι ποντικοί των αγρών, οι λαγοί, οι ζουρίδες, οι νυφίτσες και οι άρκαλοι.
Ιδιαίτερη σημασία για το φυσικό περιβάλλον της Επισκοπής έχουν τα μικρότερα ή μεγαλύτερα ρέματα και φαράγγια της περιοχής, με σημαντικότερο το Αστρακιανό φαράγγι (ή φαράγγι του Καρτερού) που ένα τμήμα του περνά δυτικά του χωριού, και το οποίο οι ντόπιοι συνηθίζουν να αποκαλούν ‘ο ποταμός’. Πρόκειται για ένα φαράγγι που το μεγαλύτερο τμήμα του έχει νερό όλο το χρόνο. Είναι ένας τόπος με ιδιαίτερη φυσική ομορφιά, με σπηλιές, πηγές, λιμνούλες και καταρράκτες, με γεωλογικό ενδιαφέρον και με την χαρακτηριστική χλωρίδα των φαραγγιών της Κρήτης (πλατάνια, ιτιές, λυγαριές, σκίνους, κισσούς και αναρριχώμενα κ.ά, καθώς και πολλά ενδημικά είδη).
Η πανίδα επίσης είναι πλούσια καθώς στο φαράγγι έχουν βρει καταφύγιο πολλά είδη πουλιών και ζώων. Αν ακολουθήσει κανείς την πορεία του φαραγγιού προς τον Καρτερό συναντά και ενδιαφέροντα ίχνη της ανθρώπινης δραστηριότητας, κυρίως ερείπια νερόμυλων, πέτρινα γεφύρια, ίχνη παλιών μονοπατιών, ξωκλήσια και ένα παλιό χάνι.